在清朝打破李自成之后，肃亲王豪格和都统叶臣，就已分兵攻下河南、山东和山西。世祖入关之后，又命英亲王阿济格，带着吴三桂、尚可喜，从大同边外攻榆林、延安。豫亲王多铎和孔有德攻潼关。李自成从蓝田走武关。清兵入西安。阿济格一支兵，直把李自成追到湖北。自成在通城县，为乡民所杀。多铎一支兵，就移攻江南。
明朝这时候，上流靠着一个左良玉（驻武昌）做捍蔽；下流则史可法给马士英等挤出内阁，督师江北。可法分江北为四镇：命刘泽清驻淮北，以经理山东。高杰驻泗水，以经理开（开封）、归（归德）。刘良佐驻临淮（关名），以经理陈、杞。黄得功驻庐州，以经理光、固（光州、固始）。而诸将争权，互相仇视。可法把高杰移到瓜洲，得功移到仪征，然诸将到底不和。公元1645年三月，多铎陷归德，进攻泗州。可法进兵清江。高杰也进扎徐州，旋单骑到睢州总兵许定国营里。这时候，定国已和清朝通款，便把高杰杀掉，降清。高杰的兵大乱，可法忙自己跑去，抚定了他。而左良玉又因和马士英不协，发兵入清君侧。朝廷连催史可法入援。可法走到燕子矶，左良玉已病死路上，手下的兵，给黄得功打败了；可法又回到扬州，则清兵已入盱眙。可法檄调诸镇来救，可没有一个人来的。可法力战七昼夜，扬州陷，可法死之。京口守兵亦溃。福王奔黄得功于芜湖。清兵入南京，遣兵追福王，黄得功中流矢，阵亡，福王被擒。清兵入杭州而还（七月）。